1996年6月6日,一种名为Lucifer-Alpha的化学武器在俄罗斯切尔诺顿释放到大气中,导致欧亚和东欧80%的人口死亡,进而导致世界一半人口死亡。受污染区域在十年内无法居住,直到Lucifer-Alpha突变为非致命形式。这场悲剧事件后来被称为“大灾变”。
五十年后,一种被称为“snatchers”的人造生命体或仿生人开始在人工岛Neo Kobe City出现,杀死受害者并取代他们在社会中的位置。没有人确切知道它们是什么或来自哪里。作为Gillian Seed,一名为名为J.U.N.K.E.R.的反Snatcher特遣队工作的失忆者,玩家的目标是追踪snatchers的来源并发现Gillian与它们之间的神秘联系。

