主人公穂積透夜是一名立志研究民俗学的大学生。暑假刚刚开始的某一天，他与好友古川俊一一同代替指导教授，为采访某场祭典而前往纪伊半岛深山中的一处村落。
据说，这项每十二年举行一次的祭仪从不向村外公开，外人甚至不被允许参加，是一场“秘祭”。透夜凭借已故父亲身为学者时留下的关系，仅这一次获准进行调查采访……
抵达当地后，透夜面对村落的景象产生了强烈的既视感，因而感到困惑。
不知在哪里见过的景色……仿佛曾在某处感受过的空气……
随后，他遇见了神秘少年羽鳥夕貴。夕贵是手栗御坂神社担任“御觋”的男巫，似乎将在此次大祭中承担重要职责。
然而，与自己是受邀而来的认知相反，村落对外人极为排斥，透夜与俊一遭到了毫不掩饰的冷遇。邀请透夜前来的手栗御坂神社宫司神代正嘉究竟有何意图，也令人难以揣测；他的儿子神代遼则始终沉默寡言。羽鸟家与神代家的财产管理人久瀬明仁更强烈警告两人立即离开村落。
唯有夕贵以亲近的目光注视着透夜。他身上不可思议的怀念感与令人倾慕的气息吸引着透夜，却不愿过多谈论祭仪。透夜一面为自己强烈受到夕贵吸引的感情而困惑，一面察觉到自身正在出现异状。
透夜与俊一获准见证祭典的真正含义是什么？村民闭口不谈、绝不向外界公开的祭仪究竟是什么模样？身为“御觋”的夕贵又承担着怎样的职责？
身处朦胧的不安之中，透夜与俊一开始调查内情。然而，一场事件令事态骤然改变。祭典临近，村落中充满紧张气氛；原本虽然封闭却应当平静的御坂，开始逐渐显露隐藏于其中的黑暗……
