“从今天起，你们就是特殊部队‘爱德玛’的成员了。”
某天突然，在没有任何理由说明的情况下，主人公勇志·和泉(ユウシ・イズミ)被瓦达兹国的正规军“塞克里塔斯”解雇，并被命令加入总统直属的特殊部队“爱德玛”。被传唤到官邸的勇志，从爱德玛的统括者兼总统秘书室长雪影·九条(セツエイ・クジョウ)那里，接到了对反体制组织“普罗米修斯”进行潜入搜查的命令。
听说普罗米修斯被认为是首谋的人物，是曾经的“朋友”、也是塞克里塔斯的上司贤彰·浦井(ケンショウ・ウライ)，勇志受到了不小的冲击。和勇志一样被塞克里塔斯解雇、被命令加入爱德玛的搭档考·寺门(コウ・テラカド)一起，勇志将前往普罗米修斯作为据点的边境城市凯恩。在那里等待着勇志的，是与贤彰宿命般的重逢。
在城市情报商奈格尔(ナガル)的协助下，勇志和考伪装成古书店店主和维修工的虚假职业，开始了潜入搜查。不久，随着搜查的推进，勇志被卷入了围绕AMATDS的治疗○“卡尔娜(カルナ)”而牵涉国家的阴谋之中——
