西洋的街景与现代日本的街景交织而成的城市“涩谷”。 在那建筑物之间的后巷里，倒在垃圾丢弃场的少年——纯奈(ジュンナ)——醒了过来。
纯奈，自己究竟是谁？为什么在这里？这里是哪里？ ……关于自己的事，他完全想不起来了。 在狼狈的他面前，一位自称雏(ヒナ)的少女静静地浮现，出现在他的眼前。 面对她“去寻找……”的话语，他询问“找什么？”，却因为突然逼近的奔跑脚步声，她的身影消失在了墙壁之中。
纯奈转头看向脚步声的方向，与一个有着如流水般银发、披着在风中飞舞的黑色外套的男人擦肩而过。与他目光交汇的瞬间。 浮现在他心中的，是近似于乡愁的感情。
在月光下消失的披风男，阿尔施塔特(アルスタット)。 追踪阿尔施塔特的刑警田神(タガミ)。 少年遇到的人偶师塔斯克(タスク)。 失去记忆的纯奈，因为雏的话语，漫无目的地开始寻找“某样东西”。
据说阿尔施塔特从杀人现场逃跑了。 遇到的友人春日(ハルヒ)的学姐木更(キサラ)倒在血泊中，追寻真相的纯奈面临着逼近的危险。不久，那只魔手便确确实实地将目标定在了纯奈身上。
发生在这座城市的杀人事件的真相是什么？ 纯奈失去的记忆是……？ 雏所寻找的“某样东西”是什么？
