距离前作Ｍｉｌｋｙｗａｙ２已经过去了20年以上。
前前作的主人公一家因为赚了足够的钱，辞去了店铺的工作，移居海外并自由自在地生活着。那时，作为退职金的代替，把店铺给了咲夜。咲夜将Ｍｉｌｋｙｗａｙ恢复为以前的咖啡店「豆」并开始经营，但因为经营不善而背负了债务。「豆」里有为了帮助这样的咲夜而不要薪水工作的打工者みぜる。
前作的主人公和祐美结婚了，并生下了女儿祐姫。祐美虽然没有在演艺圈出道，但因为女儿祐姫在演艺圈出道了，所以演艺一家沢木家得以不断绝。 鷹梨家家业的家庭餐厅经营步入正轨，实现了进军海外。恋水和丈夫一起作为美国支部的负责人移居到了加拿大，日本支部交给了女儿恋文负责。 恋文是IQ200的天才儿童，从幼年时期就引起周围轰动并出现在媒体等上。利用这一点，恋文本人为了公司的广告而特意亲自出现在媒体上。
Ｍｉｌｋｙｗａｙ３从恋文买下苦于经营不善的咲夜的咖啡店，重新开张Ｍｉｌｋｙｗａｙ开始。 主人公看着这样的Ｍｉｌｋｙｗａｙ，出于赶时髦的心情央求青梅竹马的みぜる开始了打工。
游戏分为经营部分和冒险部分。根据经营部分的结果，出现的女主角会发生变化。 另外，通过达成一定条件，可以选择里主人公的店长，在经营部分中攻略性会提高，或者攻略对象角色会发生变化。
