理莎通过在超自然研究社的夏季合宿中发生的一连串的物怪骚动，针对自己的能力，开始了退魔师的学习和修行。
决定了未来的发展道路，同时也迎来了毕业的时候。
从社团活动引退后也继续着超自然研究的美羽，规划了一次毕业旅行。
目的地是夏天去的那所废校。
理沙和在事件中成为好友的七海也一起参加旅行。
作为住宿设施而重新利用的木制校舍。
从学校退休的原超自然研究社顾问明日香，在设施内的乡土资料馆当研究员。
从明日香的话语中，得到了有关山中祠堂秘密的信息。
由于美羽被新情报所吸引，毕业旅行很快又变成了超自然调查研究。
在同样进行着超自然研究的明日香的同事、研究员彩乃的带领下，大家一起游览了城市的遗迹和人气旺盛的景点。
虽然理沙和七海一直担心事件的后续，但镇上的明日香看起来也安然无事，对此多少平复了些情绪。
但是那天晚上，理沙再次被卷入由物怪引起的怪异之中——
