时代是大侦探时代。
在“财富之叶事件”中漂亮地拯救了横滨的，侦探培养机构“福尔摩斯侦探学院”的见习四人组“少女福尔摩斯”。其指挥官小林歌剧(小林オペラ)启程前往英国后，平稳的时光流逝着。
就在这时，一名少女造访了福尔摩斯侦探学院。埃拉利伊姬百合(エラリー 姫百合)，15岁。
她原本就读于警察学校，前途备受瞩目，但以某起事件为契机，她的生活发生了骤变。在追踪怪盗时，她体内的Toys觉醒了。接着以“拥有Toys”为契机，埃拉利伊姬百合与警察反目成仇。转入了福尔摩斯侦探学院。
此外，她被作为学生会长代理出现的约瑟芬·米斯特尔(ジョセフィーヌ・ミステール)任命为少女福尔摩斯的指挥官。
不情愿的转校、突然的指挥官袭名、自己无法驾驭的Toys。被命运驱使奔走的埃拉利伊姬百合，与少女福尔摩斯一起被卷入更加苛烈的事件漩涡之中。
