在地球上，一般人并不知道，其实地球人跟宇宙人是共存的。
各式各样的星球上有许多不同的宇宙人喜欢来地球观光，甚至直接到地球居住。
然而，事情不可能全部都非常顺利。
小小的问题时常引出一些大事件。
而存在着这样一个组织来专门解决这些外星人引发的这样那样的问题。
这是个名为『メン・イン・ブラック』（Men In Black），通称 『MIB』的神秘组织。
（你没看错！鼎鼎大名的作品呀！）
某日，在放学回家的路上……
主人公・音無昴（おとなし すばる）正走在路上，却被从天而降的UFO绑架。
正在这千钧一发的关头，青梅竹马黑河有佳乃（くろかわ ゆかの）出手相助，帮助主人公击退了UFO。
因为目击到了UFO而应该被抹去记忆的昴，在历经波折后，第二天被带到了她所属的『MIB』总部。
在那里，昴看见了一堆奇形怪状的宇宙人。
在接受了一番设施的讲解后，昴正式成为『MIB』的一员。
昴的生活开始和以往渐行渐远。
汇聚了各式各样的”人”的波涛汹涌的人生就此拉开了序幕……
