【序章】 ——庆应三年。 主人公被新选组拘束人身自由后，经过三年岁月的某一天。 监察方队士・山崎烝说想要留下新选组的活动与队士的记录，并向主人公提出也想听听她的故事……
【卷之一】 主人公开始在新选组屯所生活后过了一段时间。 对于找不到父亲、心怀不安的主人公，队士们……
【卷之二】 元治元年。世间所说的池田屋事件发生。 新选组在此事件中留下了显著的成果，但这也给队士们留下了巨大的影响……
【卷之三】
某天，正在打扫庭院的主人公。 听到孩子的哭声，走向屯所的大门，那里有一个迷路的少年……
【卷之四】 庆应元年。队士人数增加，为了搬到更宽敞的屯所，决定搬往西本愿寺的新选组……
【卷之五】 搬往西本愿寺也结束后的某天。 因为某位队士的行动为契机引发了骚动……
【卷之六】 太阳无情照射的夏天。 照顾在工作中倒下的主人公的队士们……
【卷之七】 决定在岛原举行宴会的队士们。在那场宴席上，传出吵闹声音的隔壁座敷里的人是……
【卷之八】 烦恼自己是否在拖队士们后腿的主人公。接受了这一商谈的队士们……
【卷之九】 某天，获得休假的主人公。正想着休息日要做什么的时候……
【卷之十】 还留有微寒的日子。队士们正在谈论稻荷神社庙会的话题。成为传闻的『幻之荞麦屋』是……
【终卷】 为了留下新选组的活动与队士的记录，讲述着至今为止发生的事情的队士们。离开大厅后他们前往的地方是…… ※「终卷」在购买「卷之一」～「卷之十」全话、各话通关1条路线以上后解锁。
