2020年，日本。 生活在环绕东京湾的“环形区域”内贫民区的主人公·藤枝涅莉(藤枝ネリ)。
虽然过着朴素而平稳的日子， 但某天突然，唯一的家人父亲失踪了。
“去櫂宫学园吧” 留下了一封谜之信件。
私立櫂宫学园。 这是一所仅招收属于特权阶级的良家子女，以培养肩负未来日本的精英为目的而创立的全寄宿制名校。
遵从涅莉父亲留下的信件，她转入了这所名流云集的宫学园。 然而那里虽然极其奢华，却是基于绝对阶级制度，被“身份歧视”所支配的学园。
位于阶级制度顶点，统治学生并拥有一切权力的“女王”， 在各方面都占据优势、被选中的精英们所属的特权阶级“绽放的玫瑰”， 最多学生所属的平民阶级“无名蜜蜂”， 明明是学生，却被当作仆人般虐待驱使的奴隶阶级“被丢弃的石头”。
以及，由抵抗绝对制度的学生们组织的反体制组织“抵抗组织”。
在超乎想象的阶级差距社会中，涅莉所邂逅的“恋爱”， 逐渐浮出水面的学园“真相”究竟是什么——！？
