本作的故事发生在BlazBlue: Continuum Shift的事件之后。故事模式包含三个剧本：Chronophantasma、Sector Seven和Six Heroes。
公元2200年1月 循环终结至今已过去一周有余。 摧毁了Cauldrons之后，Ragna完成了他的使命。
然而…… 他还有未竟之事。 那就是击败他如今复活的宿敌，Terumi。 Terumi绑架了Successor of the Azure，诺爱尔·梵米利欧(Noel)，并迫使Master Unit, Amaterasu现身于人界。 仇恨与复仇唤醒了Sword of the Godslayer, Kusanagi (Mu -No.12-)。
Ragna牺牲自己的血肉来拯救诺爱尔·梵米利欧，但这也在Terumi的预料之中。 在短暂的空隙中，Terumi使Takamagahara无效化。
这都是他们—— NOL的最高指挥领袖，Imperator的意志的一部分。 后来，九重(Kokonoe)恢复了Ragna的血肉…… ……而他踏上了前往Federation's Hierarchical City: Ikaruga的旅程。 他并不知道，自己将在目的地遭遇时间的幻影，Chronophantasma。
