自全世界确认到寄宿着魔力的女性“魔女”的存在以来，已过去许多岁月。 “魔法”已完全融入日常生活，“魔法是女性专属之物”成为了世界的常识。
然而，一名颠覆了这一常识的少年被确认了—— 那名少年・东云苍（東雲蒼），顶着“世界上唯一寄宿着魔力的男性”这一耸人听闻的头衔， 进入了魔女们的学园・国立御久仁学园就读。
汇集了日本国内学生的 東学舎塔 所统领的“東学舎塔生徒会”。 汇集了海外留学生的 西学舎塔 所统领的“西学舎塔生徒会”。 存在着两座塔与两个学生会的，这所稍微有些特别的学园。
作为学园中唯一的男性，起初心跳加速、战战兢兢的苍的不安也很快消解，积极快乐开朗地开始了学园生活！ ——就在让他开始学园生活的同时，他和刚交到的朋友们一起被半强制地拉入了 東塔生徒会， 不知不觉间便要挑战 生徒会監査会、通称・魔法生徒会大戦。
东塔与西塔的两学生会分别代表各自的塔，在各种竞技中激烈交锋的这项活动，是赌上了塔之威信的。 面临着不容许失败的战斗的苍，有着某种不安——
“虽说是魔法生徒会大戦，但我并不会使用魔法……”
苍的魔力极其微少。而且是不具备属性的无色魔力。 他无法像魔女们那样将魔力作为 魔法 来行使，只不过是个超特异体质的普通男学生罢了。
与满怀不安与期待的魔法少女们的学园生活，是充满心跳加速与兴奋期待的百花缭乱恋爱模样。 在各种意义上自然而然成为事物中心的苍，在这所满是魔女的学园，以及魔法生徒会大戦的前方所得到的东西是——
