位于日本遥远的西南方的常夏孤岛·月读岛。 主人公芳乃零二(よしの れいじ)，是住在那座岛上极其普通的学生——“曾经是”。 突然陷入非现实般绝境的零二，被一位美丽的少女所救。 她正是『No.13(ミッシングナンバー・サーティーン)』，自古流传的传说中的“战略破坏魔术兵器”—— 通称『魔法』，也就是超科学兵器本身。
据说『战略破坏魔术兵器』的形状，会变成与该人物相称的形态，并赋予所有者独一无二的特殊“能力”。 然而，他能使用的“能力”有两个。 “召唤24小时内遇到过的人”，以及 “将物质恢复到24小时前的状态”，这种与兵器和战争相去甚远的能力。
与追求和平日常的零二的意愿背道而驰，他被卷入了13位赌上重要之物的『召唤者』之间的大逃杀。
在月读岛不断重演的『召唤者』们悲哀的战斗宿命。 他所赌上的，是应当守护的重要日常，是令人心痒的青春学园生活。 为了斩断这宛如永远持续的大重复般的争斗命运，零二今天也跃入了战斗的漩涡之中——……
