魔法正逐渐被认知的混迷过渡期——。
世界上以魔力为原因、被称为“魔法灾害”的厄灾频发，
人们依然对魔法抱有排斥感。
是否接受魔法这一未知存在，卷入政治的争论看不到尽头，
掌权者们为了自身的欲望在暗中谋划着。
在这样的背景下，以魔力为武器战斗的少女们的存在开始被人们口口相传。
试图将看似暗影的魔法这一存在，变为照亮和平之光的美丽女神们。
魔法战士——不知是谁呼唤的，她们开始以这个名字为人所知。
在这个国家首次将魔法纳入课程的学园——国际教导学园上学的一名女学生，御白晴香。
在学园学习炼金术的她，是保护人们免受魔之威胁的魔法战士，艾梅洛德菲妮（エメロードフィーネ）。
曾是炼金术研究者的父亲留下的艾梅洛德拉皮斯（エメロードラピス）。
借助其力量变身的晴香，在国际教导学园的教师立花亚梨子、镜岛树的引导下，
作为一名新的魔法战士投身于战斗之中。
与同样就读于国际教导学园的魔法战士伊克西德骑士（イクシードナイツ）合作，
过着保护人们免受魔法灾害的日常。
某天，转学生黑宇霞出现在晴香面前。
以那次相遇为契机，晴香与霞，两人的命运开始大幅转动——。
