——魔法少女是兵器—— ——魔法少女不产生梦想与希望—— ——魔法少女沉溺于快乐与体液之中——
不久的将来——
人类与神秘的外星人持续着战争。
被送往最前线的， 是将外星人的力量纳入身体， 获得了强大力量的年轻少女们。 被敌人侵犯，从而怀上敌人的力量， 在快乐的折磨中打倒敌人。
战争仍在继续。 少女们的肉体与灵魂被世界所消耗。
PROLOGUE
公元2099年。人类迎来了新的大航海时代。
人类为了寻求更多的生存空间而不断扩张，月球基地和火星基地已达到可称为城市的规模， 月球甚至获得了自治权。 寻求资源的企业和国家已进军小行星带， 指令室——终于，载人宇宙飞船抵达天王星并正在返航。
人类之间的争斗虽然仍在继续，但未来被认为是光明的。 从天王星返航途中的宇宙飞船， 在火星附近突然失去联系，并在那里观测到了大规模的异变。
那是外星人侵略的预兆。 外星人的形态令人联想到水母和海葵， 因此他们被称为COSMIC CNIDARIAN，简称C.C。
地球方面虽然步调不一，但还是勉强组建了地球统合军。 但C.C一举击溃了集结在火星基地附近的统合军。 将火星的生命赶尽杀绝后，C.C开始向地球发起进攻。
残存的地球统合军将月球附近定为最终防线， 但别说常规武器，连核武器对C.C也不起作用。
就在人类以为即将迎来终结之时， 统合军投入的是特殊战技兵团（后通称魔法少女队）。
她们宛如从动画和漫画中走出来一般，在月球附近迎击C.C。
虽然付出了参战人员损耗率95%这一近乎全军覆没的代价， 但后来被称为英雄的莉泽特·奥热罗(リゼット・オージュロー)改变了月球的轨道， 采用使其撞击C.C疑似母船的超巨大飞行物体的战法将其摧毁， 虽然只是暂时的，但成功击退了C.C。
这就是月轨会战。 人类沿着C.C的进攻路线反向追溯，所看到的是 通心粉管道——漂浮在宇宙中的通往异空间的入口。 穿过从那里连接的管道之后， 展现在眼前的是一颗红色巨星，以及在其周围仅漂浮着一颗月球大小的游星的奇异球状空间。
那颗游星从远处看宛如百花盛开的乐园。 然而，放大倍率后，看似花朵的东西 其实是五颜六色的触手所构成的图案，无数C.C栖息其中。
C.C并未全灭，这颗游星、这个空间才是他们的据点。
为了防备通心粉管道的再次入侵， 地球统合军倾尽地球全部力量，在球状空间管道的入口处建造了巨大的前线基地"大教堂"。
至此，2108年至今仍在持续的、关乎地球存亡的战斗开始了。
