2XXX年，在经历了反复的全球战争后，地球环境崩溃，人类面临着生存危机。 人们将理想之城“Agartha”建在地下，作为最后的希望。在那里，人人平等，生活安宁。
与此同时，被留在地表的人们被迫生活在注定会崩溃的“Shelters”中。
主人公Setsuya在Agartha的孤儿院“Garden of Hope”中过着平凡的生活。
然而，当他觉醒了某种神秘力量时，他那平静的日常突然在一天发生了改变。
在惊讶与困惑中，一位神秘的黑发男子出现在了Setsuya面前。
“你有危险。”——这句话极大地动摇了Setsuya的命运。
理想之城“Agartha”背后隐藏的真相究竟是什么？
Setsuya选择的道路将极大地动摇人类的命运。 在这个混乱的时代，他会作何选择，又将开创怎样的未来？
