研究者の父を持つ主人公・佐伯和史は、同じ研究者どうし親交の深い 神代、桜井家と家族同然の交流があった。中でも神代琴音、桜井優美とは、歳が近いことや片親である父が留守がちであったこともあり、幼い頃から実の姉、妹のように接し、穏やかな日々を過ごしていた。
しかし、そんな日々は突然の事故により奪われることになる。
海外での調査中に起きた原因不明の事故により、調査団に参加していた 神代、桜井の両親は失われ、同行していた琴音も一命は取りとめたもののその直後に行方不明になってしまうのだった…。
――それから三年目の夏。
和史は、失った悲しみを胸に、相変わらず留守がちな父と両親を亡くした優美と共に新たな生活を送っていた。クラスメイトであり悪友でもある松島徹のお陰もあって、穏やかな日々を取り戻していった和史達。そんな中、和史のクラスに転入してくる女の子・霧島晶との出会いにより、和史の学園生活はにわかに賑やかになっていく。
しかし時を同じくして、和史の周りでは不可解な出来事が起こり始めていた…。
