单眼少年「皐月駆」，5年前丧失了她唯一的亲人，他的姐姐。
尽管拜青梅竹马「水奈瀬ゆか」充沛的精力所赐、现在总算回复了心中的平静，然而内心中仍漂浮着无尽的虚无感，过着对未来不抱任何希望的慵懒的每一天。
两人就读位于新兴城市「綾女ヶ丘市」的「虹陵館学園」、俗称「虹校」。尽管ゆか总是神采飞扬地跑向駆，为駆打气，但与毫无斗志的駆并没有任何关系上的进一步发展。
然而，就在两人的关系慢慢向前迈进的时候，他们的命运起了非常讽刺的变化。
人的气息从城市之中消失，简直就像是被静寂所包围着的无人废墟。
天空犹如鲜血的泉水一样染成了红色、悬挂着一个仿佛掉进了墨汁里的漆黑月亮。
綾女ヶ丘变成了一个除了自己两人就没有别人的荒凉世界。在漆黑的巨大月亮之下，在赤之夜的世界中就只剩下駆与ゆか两人了。面对替代了城市中的人的、那些异形般的蠢蠢欲动的存在、无计可施的駆与ゆか除了逃跑就没有别的应对方法了。
虽然两人知道过了一定时候的话，世界就会从「赤之夜」回归到现实，然而「赤之夜」是不受时间与地方限制随时出现的。
对这时空的切换而感到疲倦不堪的两人，面临着性命的危险……
就在这时，两人发现了除自己之外的被放进「赤之夜」世界的同伴。
这些在「赤之夜」世界相遇的同伴，是些超越了駆与ゆか常识的异能者。
出入赤之夜的人类，包括駆他们总共为6人。他们为了在赤之夜生存下来而相互合作。
但是，6个对他们有明确的杀意的影子挡在他们面前。
面对拥有比其他异性更了不得力量的6个「黒騎士」，駆他们几人被逼舍命战斗。
尽管对于众人来说，战斗的意义各不相同，但在众人一起度过校园生活以及共同战斗的过程中，这场战斗逐渐演变成为以守护无法取代的同伴为目的的战斗。
在这场惨烈的战斗结束时所披露的「赤之夜」的真实面前，駆他们究竟如何抉择呢？
以「赤之夜」的世界侵蚀的城市为舞台，描写被卷进惨烈战斗的少年少女的命运的大型校园传奇，将在这里揭幕。
