就读于普通学校、并隶属于稍微有些奇特的“巫女部”的主人公，被气势十足的青梅竹马、沉默寡言的后辈、天真烂漫的同级生围绕着，过着热闹但平凡的学园生活。
某天清晨，他在路口捡到一尊五谷神的石像。抚摸石像的头时，石像变成了长有狐狸耳朵和尾巴的女孩子。原来，五谷神像的真正身份是“巫女神”ミサキ。
她究竟从哪里来，又为什么会出现在路口？但她除了“ミサキ”这个名字以外什么都不记得。是因为失去了记忆，还是因为离开了神社？她的神力逐渐流失，似乎不久之后就会消失。
为了拯救即将消失的ミサキ，巫女部的主人公一行准备举行某个仪式。
