叶山雄大是就读于“私立圣乃魔法学校”的二年级学生。 出于“总想离开父母身边”这种非常积极的理由，雄大入学了有单人宿舍的圣乃，
・一级炼金执照史上最年少保持者，一线之隔的天才“葛木桃花”
・才貌双全，雄大也暗自憧憬的高岭之花“紬绫音”
・重视秩序，将桃花和雄大视为眼中钉的委员长“间宫凛子”
・爱幻想，各方面都笨手笨脚的一年级学生“屋上光(屋上ひかり)”
与这些人引发了一些小骚动，但他依然顺其自然，安然无恙地享受着平稳的学校与宿舍生活。
某天，桃花对雄大说似乎能炼出“纯金”。自人类历史开始以来的数千年间， 至今仍未找到用炼金术生成黄金的配方。
如果成功生成黄金，诺贝尔魔法奖就十拿九稳了。
——要是种出了摇钱树，第一个拿给雄大看。
作为见证历史性瞬间的权利的交换，桃花向雄大要求的是“刚射出的体液”。 经过一番争论与曲折后，雄大提供了精液。
炼金术的结果诞生的是植物的种子。 据说这种植物结出的果实会变成纯金。 雄大想象着以自己精液为原料生长的植物，不禁叹息。
几天后，以异常速度生长的树上结出的果实，是闪耀着虹色的诡异（不可思议）的橘子。
为了安慰因得到与黄金无缘的产物而沮丧的桃花，雄大将这个橘子命名为“炼金橘子”。
虹色的炼金橘子，仅仅是颜色不同的橘子吗，还是说……？
围绕着名为失败的奇迹所诞生的魔法橘子的故事就此开始——。
