故事发生在荒凉的Metafalss之地，这是一个建立在塔的边缘的微小大陆，就像第一代游戏的Ar tonelico一样。故事围绕着两个对立的派系展开：统治阶级Grand Bell，最近向女神Frelia宣战；以及Sacred Army，他们相信女神使得Metafalss得以存在。这种对女神的愤怒源于几个世纪前创造Metafalica的失败，这是一个传说中类似天堂的土地，但在创造过程中被她的守护者恶意攻击所打断。除了内战之外，Metafalss还受到I.P.D爆发的蹂躏，这是一种Reyvateil特有的疾病，会导致患者无法控制地施展诗魔法，对自己和周围环境造成巨大伤害。
主角Croix Bartel是Grand Bell的一名骑士，经常被派去阻止那些感染者造成的伤害。正是在执行遏制这样一次爆发的任务时，Croix和他的义妹Cocona陷入了截然不同的境地。带领Grand Bell参战的Reyvateil——圣女Cloche，遭到了Sacred Army的袭击。他很快被委托在逃跑时保护她。在试图躲避Sacred Army时，他们遇到了Luca，另一个从小就认识Croix的Reyvateil。
Croix很快就会发现，无论是Grand Bell还是Sacred Army都不是表面上看起来的那样——Cloche或Luca也不是。除了彼此之外无法信任任何人（有时甚至连彼此都无法信任），他和他的同伴们沿着自己的道路艰难前行，以挫败那些企图操纵他们的人，发现关于女神Frelia的真相，并实现七百年来的Metafalica之梦。
就像前作一样，Ar tonelico II具有Dive System功能，你可以进入Reyvateil的内心，以视觉小说风格的情节帮助她们解决内心的疑虑，并借此解锁更强大的诗魔法。Diving现在与主线剧情联系更加紧密，完成超过一半的Reyvateil的cosmosphere将需要你向她们“承诺”并走向她们的结局。
其他新机制包括Dualstall，Reyvateil们一起沐浴以增强她们的力量；Bath Talk Topics，在Dualstall期间发生，使各个Reyvateil更有信心地并肩作战；以及Infelsphere，一个与剧情紧密相连的梦境领域，女主角们在这里以视觉小说风格的情节加深彼此的羁绊。
