194X年,日本终于向同盟国无条件投降。随后,除部分地区外,日本被同盟军分割占领。在同盟军占领的地区,FEHQ(Far East Head Quarters)对抵抗分子进行肃清,强迫他们进行思想○的○○劳动等血腥镇压。
此外,FEHQ还秘密推进着名为AMP(Advanced Machinery Project)的军事项目。AMP进行了多次性实验,在此过程中,被试体“瑠璃子”展现出了极高的超能力。
在这样的情况下,在煤矿被强迫进行○○劳动的主人公被抵抗组织救出,投身于抵抗运动之中。随后,与FEHQ战斗的主人公,与被试体“瑠璃子”产生了深深的交集……

