太古科技突飞猛进，人类肉体相形之下进化迟缓。当时人类积极进行人类肉体与精神的开发，却一直无法突破。此段文明在极盛一时之际遽然衰退，而发展中的『灵』之力也随文明衰败而湮没在历史中。后世称这段曾经席卷往昔的太古超文明为『灵文明』，称其遗产为『阿鲁休凯尔』。之后，一群依恃着灵力的特权阶级筑起封建，长期支配着这块大陆。这股在历史上仅留下短短轨迹的力量，在新展开的时代却也埋下斗争的种子。
首都法姆伦正陷入革命的漩涡中。这一切，就是在主张共和制的革命议会指导下，法姆伦市民群起驱逐极尽奢华的皇室、圣职人员等特权阶级而开始的。经历多次政策的让步与持续的妥协中，众多王党派贵族亡命国外，王制派议员亦隐居起来，也排除众多拒绝革命的否定派圣职人员。而在激进派革命家沃夫拉姆主导下，将昏庸的国王送上断头台。革命虽然顺利进行，但社会仍是民不聊生，他国亦趁乱侵攻，一方面当局亦开始大力扫荡反叛势力，世局依然陷入混沌不安。在这当中，主角希鲁特与其搭档蒂缇来到了法姆伦。以调查遗迹为业的他们，因为此地是最适合前往各处遗迹的中心点，希望以此为活动据点。为了在乱世中自保，他们找上了在议会中执政的沃夫拉姆作靠山。蒂缇以灵兵器可以抵御外敌为诱因，并以提供探险资金与吃住作为交出提出调查报告的条件。沃夫拉姆则期待借灵文明遗产，可以复兴渐渐失传的魔法，也巩固自己的实力与地位。
另一方面，有一群潜伏在社会暗处，当社会变动之际即大肆活动、称为『雷比斯』的魔人。他们不时出现在当权者身边，美名为台面下的辅助者，但实质上却在暗地里控制当权者的意志。而沃夫拉姆身边，也出现了两个雷比斯成员─梅妃特以及贝曼多。希鲁特他们在前往隐藏在『麻雀巢』秘境里的灵文明大遗迹途中，碰上了在其他遗迹有数面之缘的梅妃特与贝曼多，以及他们追捕中的少年库司托尔。为了方便达成工作，他们决定营救少年及遭魔人囚禁的少年之姐榭莎莉耶，但过程中却又碰上守护灵文明遗迹的少女飘缇亚。一行人在革命势力与灵文明的纠葛下，究竟将牵扯出什么样的复杂情缘呢……?
在比现在更遥远的过去。 有一个繁荣至极的文明。 那个文明的主要人类，做出了一个选择。 追求更加完美。 然后时光流逝，那个文明从地上消失了。 时光流转，繁荣的证明成为过去，被称为遗迹。
不久，另一个文明再次支配了地上。 为了不再重蹈人类的覆辙，有的人屏息潜伏， 有的人则生活在时代的暗处。 然而，过错仍在重演。 是必然，还是…… 即便如此，人们仍继续前行。
首都ヴァルムーン正处于革命的漩涡中。 在被贫民挤满的后巷里，有两个身影横穿而过。 在寒酸的人们中，他们是有些超脱世俗的奇妙二人组。 装作回收屋的高大瘦削的サイデラス・ヒルドゥレイ（通称：ヒルト）和 他的搭档，自称是灵工学权威而大言不惭的 女学者ゼッセンディーテ（通称：ディーテ）。 被称为イシュタルキラー的遗迹调查人的他们一路， 前往ヴォルフラム・マクスウェル的宅邸。
失落的太古超技术『霊文明』。其继承者『霊使い』。 向身为激进革命家并在革命政府中担任执政的ヴォルフラム 巴结的两人，暗示了那些遗产。
向ヴォルフラム提议可以进一步巩固他革命后的地位与权限， 并争取到他的后援，图谋利害一致的关系。
从那以后以ヴァルムーン为据点， ヒルト和ディーテ开始巡游周边的秘境。 ディーテ是为了满足自己的欲望。 ヒルト是为了追寻丧失的自己的过去，以及那记忆之线……
以18世纪到19世纪初的欧洲为 主题的奇幻世界为舞台。
关于故事，不仅难以把握作为故事骨架的情节走向， 而且在各个场景中也很难明白在做什么，成品相当微妙。 另外，虽然姑且算是队伍成员，却完全没有在ＬＧパート中登场， 在游戏后半段中途淡出而完全消失的角色存在的这一点也是扣分项。
通往最终战斗的流程也给人很强的唐突感。 游戏末期最终战斗前的场景是这样的感觉。
因革命裁判的判决被宣告死刑的ヴォルフラム 在城市的广场上即将被处刑之际， ディーテ突然开始大闹并引发骚动，然后对着ヴォルフラム 说道“你想要的古代文明的遗产。让我来展示那最高杰作”之后， 从城市广场到成为最终战斗的战场， 几乎没有任何铺垫和说明就突然传送过去。
