战乱长存的欧罗巴大陆。 东方大国德斯托纳（デストナ）凭借压倒性的军事力量接连侵略他国，终于将矛头指向了大陆西方的诸国。 其中，他们开发的新型兵器“鬼震兵”的威力肆虐横行。 鬼震兵是以魔力为基础创造出的生物兵器，它们会通过吞噬人类而滚雪球般地不断强大，而且常规兵器对它们效果甚微。 在周围国家接连沦陷之际，下一个被盯上的是小国弗洛亚（フロイア）。 本以为几周内就会投降的弗洛亚顽强抵抗，德斯托纳军的进军终于在某个城镇周边停止了。 阻挡住德斯托纳军的，是为了对抗鬼震兵而编成的国王直属特务部队，对鬼震兵调查驱逐小组·秘匿名“第502独立混成中队”，通称“鬼百合中队”。 该中队与其他部队不同，利用魔力与鬼震兵战斗，其中，身着中队独自开发的名为“魔动装机”的对鬼震兵装备战斗的少女兵，罗洁·莉莉恩塔尔（ロゼ・リリエンタール）军曹的表现尤为瞩目。 她被称为“魔动装兵”，其名号在敌我双方之间响彻回荡。
中队取得了重大战果，首次成功击退了鬼震兵。 弗洛亚国防军对不在自己管理下的计划取得巨大成果感到苦涩，虽然对中队冷眼相待，但中队却逐渐赢得了前线士兵们的信任，不久后，中队便作为救援被鬼震兵逼入绝境的部队的“消防部队”在战场上四处奔走。
主人公弗朗茨（フランツ）是弗洛亚国防军的一名士兵。 他所属的部队遭到鬼震兵袭击，但被鬼百合中队救下，弗朗茨就此编入该中队。 拥有魔力工学知识的主人公被赋予了魔动装兵辅助兵员的角色，以此为契机，他与罗洁·莉莉恩塔尔军曹逐渐亲近起来。
就这样，鬼百合中队继续奋战，但不久后，鬼震兵们的情况发生了变化。 德斯托纳军开始改变对成为鬼震兵天敌的魔动装兵的攻击方法。 它们使用触手等捕捉魔动装兵，企图夺走她们力量源泉的魔力。夺走魔力的直接方法，就是由鬼震兵凌辱魔动装兵的少女们。 一旦战败，等待她们的将是残酷的命运。 主人公弗朗茨与鬼百合中队，能否在这严酷的战场上奋战到底——
