故事在与地球不同的行星上的玛比诺树魔法学院中展开。
在这颗行星上，曾经发展出巨大的产业文明并夸耀着其荣华，但在约300年前发生了被称为“妖精事件之夜”的大灾害，这个文明就此崩溃了。从这场灾害中拯救了人们的，是被称为“特里斯墨吉斯忒斯的魔术师”的人们，他们为这颗行星带来了魔法文明。
玛比诺树魔法学院，是由“特里斯墨吉斯忒斯的魔术师”创始的魔法学校，存在于次元的夹缝中。在玛比诺树魔法学院，人类不会衰老，许多学生们都在进行魔法修行。本游戏中登场的女主角们，也在这所学院进行魔法修行，是学院“吉保斯宿舍”的成员。
在本故事中，主人公与各位女主角之间将加深交流，同时追究这个世界的秘密，以及主人公御神乐圭为何会被召唤到这个世界的谜团。
