《金色琴弦３ AnotherSky》允许玩家从第三部作品中登场的三所主要竞争对手学校之一的视角来观看故事。主角的介绍在每个篇章中都有所不同。
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feat. Jinnan 在一次课程结束后，主角的小提琴老师向她道出了残酷的真相：她觉得自己的学生以现在的状态永远无法进步。主角想起了如月律三年前要在全国大赛上相见的约定，对这一消息感到苦恼。为了帮助促进学生的进步，老师递给主角一篇关于东金千秋某场音乐会的杂志文章，并帮助她的学生进入了神户的Jinnan High School。
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feat. Shiseikan 主角在一场音乐会上的演奏平淡无奇地结束了。她的祖父注意到了她艺术上的低谷，并安慰她重新思考自己对音乐的热爱。他建议主角去和母亲一起生活，换一下心情。当她在仙台的街头沉思时，主角偶然听到了水岛新的长号声，并加入他进行了一场现场二重奏。演奏结束后他便离开了，随口说出了自己的社团名称和高中后便消失不见。主角因这次经历而感到精神振奋，决定进入Shiseikan High School就读。
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feat. Yokohama Amane Gakuen 有一天，主角和她的青梅竹马如月响也收到了一封带有Amane Gakuen入学文件的神秘信件。主角看到邀请函后，隐约回忆起七年前送给她金色小提琴琴弦的男孩，并预感自己可能会在这所学校遇到那个男孩。在带着如月响也一起转入Amane Gakuen后，两人很快受到了冥加玲士的挑战，要求他们提升自己，成为配得上这所学校的一员。
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feat. Hakodate Amane Gakuen 在毫无预兆的情况下，主角神秘地失忆了，并发现自己在一辆开往函馆的巴士上。一名无精打采的女学生迎接了她，并护送她前往目的地。
无论在哪所学校，她的目标都是与她的合奏成员们一起赢得全国大赛。她希望在此过程中找回自己失去的艺术才华。
