那是，将现世与常世交织为一的悠久物语― 那所高中的后院里有一座小小的祠堂。何时、由谁、为了什么而建造又供奉着什么，谁也不知道。 然而，学生、教师、街上的人们都异口同声地这样称呼它『──トコヨサマ』。
学园的一年级学生，八上朔也（やがみさくや）与须芹未姫（すせりみき）为了挑选用于新闻部比赛的照片而留到了深夜。 两人正准备回去时，学园被雾气笼罩，遭到了真面目不明的怪物袭击。
在校内逃跑的两人发现了白天本不该有的石化了的学生们。 照这样下去自己也会遭殃。拼命反击的两人。但在与怪物战斗的过程中，未姫被囚禁，朔也自己也受了伤。
那时，朔也的耳边传来了不可思议的声音，『──去トコヨサマ』。 虽然感到困惑但还是听从声音前往了古旧的祠堂，在那里遇到了分不清是球还是猫的不可思议的存在──付喪神的命部（ミョウブ）。
命部宣告。 这个世界＝现世与常世与黄泉，三个世界的流动产生了异变，现在，学园已经变成了常世的一部分。 并且现在，宿于朔也体内的【御魂守】之力觉醒了。
为了拯救未姫，朔也在命部的引导下从祠堂前往异世界・常世。 但在那里等待着的，是关于编织时间的世界──现世（ウツシヨ）、时间积累的世界──常世（トコヨ）、时间迎来死亡的世界──黄泉（ヨミ），向着这三个世界逼近的、更大的危机的情报。
