那是将现世与常世交织在一起的悠久故事—— 那所高中的后院里有一座小小的祠堂。谁也不知道它是何时、由谁、为了什么而建造，又供奉着什么。 然而，无论是学生、老师，还是街上的人们，都异口同声地这样称呼它——“常世大人”。
学园的一年级学生，八上朔也和须芹未姬，为了挑选新闻部比赛要用的照片，一直留到了深夜。 就在两人准备回家的时候，学园被雾气笼罩，遭到了不明怪物的袭击。
在校内逃跑的两人，发现了白天本不该存在的被石化的学生们。 照这样下去自己也会遭殃。两人拼命反击。但在与怪物战斗的过程中，未姬被抓住了，朔也自己也受了伤。
那时，朔也的耳边传来了不可思议的声音，“——去常世大人那里”。 虽然感到困惑，但他还是听从声音的指引走向了古老的祠堂，在那里遇到了一个分不清是球还是猫的不可思议的存在——付丧神命部。
命部告诉他。 这个世界＝现世、常世与黄泉，这三个世界的流动产生了异变，如今学园已经变成了常世的一部分。 并且，如今宿在朔也体内的【御魂守】之力觉醒了。
为了救未姬，朔也在命部的指引下，从祠堂前往了异世界·常世。 但在那里等待着他的，是关于编织时间的世界——现世、时间不断累积的世界——常世、时间迎来死亡的世界——黄泉，这三个世界所面临的更大危机的情报。
