在高中入学典礼当天遭遇事故的主人公， 回过神来时，已经站在了一所陌生学园的用地内。 这里是掉队灵魂们就读的死后学园・NEVAEH（ネヴァー）学园。 在这所学园里，只要遵守校规做个乖孩子， 据说任何掉队的灵魂最终都能毕业＝重头来过人生。
被戴着兔子头的可疑男人告知了死讯， 主人公就这样如坠梦中般被安排参加了入学典礼。 然而就在这时，突然响起了震耳欲聋的爆炸声。
以那个声音为信号开始的， 是反抗学园的坏孩子团队・BAD APPLES（バッドアップルズ）与 学园风纪的守卫・风纪委员之间的学园战争。
在战斗的喧嚣中，主人公遇到了一位红发少年。 少年直截了当地向主人公问道。
「——你，想活下去吗？」
