大正103年，帝都东京。 人们正受到从异世界袭来的谜之生物“异形”的威胁。 军队虽出兵讨伐，但兵器的物理攻击无法造成伤害，人类面临着前所未有的危机。 然而，通过私人军事团体的研究，成功利用那异世界的力量反向制造出“魔力”并击退了魔物。 能够使用那股力量，即“魔法”的人们被称为“魔女少女”， 民众对她们抱有感谢、憧憬以及些许忧惧之情。 但是她们的真实身份被列为绝密，无人知晓她们的底细——。
高中生樱井阳太， 因为是魔女少女战队“Magical Piece”所率领的民间军事公司“攻铁樱盘社”统帅的独生子， 被不由分说地安排就任了魔女少女。 没错，他明明是男性，却通过魔力变身成了少女。
和阳太一样，用魔法之力作为魔女少女战斗的男子共有4名。 在魔法研究中，因事故继承了魔女少女力量的研究员由纪。 为何会志愿成为正义的伙伴完全不明、轻浮的花花公子阿基拉。 非常能吃且天然呆的书生·勇鱼。 至于阳太的青梅竹马志春，因为自己的魔力低下，无法女体化只能女装战斗。
作为对抗日益强大的异形的策略， 阳太被命令与这4人中的一人组成搭档，两人共同战斗。 最初虽然引发了诸多麻烦，但在战斗中积累各种经验的过程中， 不知何时他们对彼此抱有了超越同伴羁绊的感情。 战斗的尽头，他们所掌握的“现在”与“未来”究竟为何——？
