故事从现在的日本开始。
随处可见的高中生「雨村 津雲」， 在暑假的林间学校要去出水的露营场。 刚醒来时做了一个不可思议的梦，怀着一种莫名无法释怀的心情， 在快要迟到的最后一刻赶上了集合时间，跳上巴士前往露营场。 没什么特别想做的事，打算任由集体行动来打发日程的津雲。 对这样的他，转学生「結城 流花」亲切地搭了话。 虽然一开始有些不知所措，但被人抱有好感也不觉得讨厌的津雲， 度过了一段快乐的时光。
然而，林间学校的最后一天。流花突然消失了。
在寻找流花的线索时， 津雲到达了作为「神隐神社」而令人敬畏的出水神社。 在其奥社里，供奉着不可思议的石头块。 产生兴趣的津雲向那块石头伸出了手……
那一瞬间。
光转眼间扩散开来，将津雲吞没。 失去意识，再次醒来时，他在古代的日本……。
