全球各地突然出现了被称为“禁忌区”的魔性空间。而从这些空间中，出现了能够吃掉人类心灵的怪物，イーター。
各种物料攻击手段、甚至是核攻击均无效，人类对イーター完全没有对抗手段，心灵被吃掉的人类接二连三的变成了イーター。
不过，人类也不是就这么完蛋了。
能够利用被称为“マナ”的生物能量进行魔法攻击，并能将イーター打倒的战士开始出现。
人们把这种汇集人类希望的战士称为“魔女”。
而培养这种魔女，以及被称为家族的魔女的同伴，这个地方就是魔女学校。
主角，飯塚俊哉在入学开始时不及格，不过因为有着无与伦比的巨根，而被作为特招生而进入魔女学校。
魔女所使用的魔法的来源“マナ”是从不能够使用魔法的男人身上得到。
男性体内的“マナ”会被强制变为……，因此无法使用魔法。
不过相对的，如果将……给予魔女，也就是通过啪啪啪，能够实现半永久的“マナ”补给。
飯塚俊哉正是因为这一体质特性被看重。
本来被特招入校已经很稀奇，还结成了以前从没听说过的“トリオ”（三重奏）。
对象是世界级的偶像组合“マナ・ウィッチ”中的双重核心，超人气成员小柳リナ 与アリッサ＝里奈・田中。
这两人是传说中会成为下一代S级魔女的精英。
“魔力的补给是圣神的行为，不用感到害羞”
就这样，俊哉在魔女学校的生活就这么开始了。
