和一般的萤火虫不同，在叫狭土ヶ島的乡村小町，
栖息着一种稀有萤火虫“夏萤”，并从7月中旬开 始是出现率的高峰期。
主人公一弥的双亲在他年幼时因病去世，和唯一的亲人的妹妹水夏一起被父亲的熟人,
经营着神社的倉本家领养， 过着可以说是家族般的寄居生活。
但一弥有时也会因孤独而跑到自己所中意的地方，森林里的水池边哭泣。
手里握着母亲的遗物，据说能实现愿望的“萤之泪”。
某天夜晚，一弥从森林里的蜘蛛巢中救下了一只萤火虫。
接着第二天一个人在森林里哭泣时突然出现的少女向他搭话然后一起观看了萤火虫。
约定再来玩，之后在一起玩的几天中一弥恢复了精神，并喜欢上了总是露出笑容的少女 片瀬。
一弥如常地邀请她「明天也一起玩吧」，可不知为什么女孩子说“不能玩”露出忧郁的表情。
即使是一方面的约定，一弥也是如约地来到水池，
想要将“萤之泪”当礼物送给她，可等了一整天她最终还是没出现。
时光流逝，在一弥也习惯了在领养了他的神社的生活时。
今年也迎来了对这个岛来说是特别的，但实际上也和平常一样的“夏萤”的季节。
迎来自己在学校的2年级的初夏，就在这个时期，突然有一个女孩子转校来到了一弥的班上。
在非正式转校时期的转校生已经是够稀奇的了，虽然也有一部分狂热的男生煽动说，
那是超弩级的美少女所致，学校里是轰动了一时。
在这场喧闹中，一弥看到女孩子时吃了一惊。
她就是和一弥在萤火虫之池相遇，当年没能如约见面就分别了的片瀬観琴……
