2008年，东京——。
以绝大的政治力为背景进行着超法规的活动，其实态与目的却被谜团所包围的研究机关『古痕』。 在汇聚了各领域杰出人才的组织中，有一位格外大放异彩的研究员。他的名字叫津名川宗慈。精通基因工程学，进行着战斗用仿生人研究的他，其知识的深度与鲜明，简直就像『从一开始就知道答案』一样。
在那个研究阶段被制造出来，被命名为エマ、沙友、透花的三名少女们，因为被追加的第24对基因而被称为『エクストラ』。表面上看起来平稳的他与她们的日常，以与入侵研究所的正体不明的军事机器人的战斗为界发生了变化。
跨越各种事件，逐渐明朗的计划全貌与各自的真正目的，与エクストラ相关的人们的悲伤过去。得知エクストラ作为兵器的性能，开始暗中活动的军方。基于独自的正义行动的，公安的无番号特工『荒山鳥人』。对津名川燃起竞争意识的另一位エクストラ开发者『高宮エレン』。
在交错的人们的心思中逐渐加深的谜团。……『古痕』、『オリジン』、以及『バベル』究竟是……。无处可去的诸多摩擦如多米诺骨牌般加速，故事将一切卷入其中，向着终焉攀升而去……。
