所有生命，皆由大地的思念孕育。 即便是那片海，其底也怀抱大地。
那座岛上，曾有一棵巨大的树。 据说精灵寄宿其中的那棵巨树被称为“圣谭树”，守护着岛屿。 为了获得精灵的加护，每百年一次在圣谭树前举行的仪式 “米泽雷雷(ミゼレーレ)之仪” 在精灵神殿深处被抚养长大的拥有“雷森(レイソン)”称号的巫子， 到了十六岁时，为了举行该仪式，将跨越拉克里莫萨(ラクリモーサ)树海， 踏上前往圣谭树所在的旅途，这是自古以来的惯例。 当代的雷森巫子，祈里(キリエ)也即将迎来十六岁。 然而，由于神殿与诸侯的权力对立， 企图妨碍仪式的诸侯军将祈里绑架了。
试图夺回祈里的神殿武官少年，卡农(カノン)。 企图绑架雷森巫子的盗贼一员，克雷多(クレド)。 眼神中寄宿着虚伪与痛苦暗中活跃的青年，雷基耶姆(レイキエム)。
在各种人的想法交织错乱之中， 祈里作为唯一的雷森巫子， 为了履行自己的义务而前往圣谭树。 为了守护重要的事物。 坚信若是失去精灵的加护，人类便无法生存下去───……
