——工业革命也流入日本，完成了近代化的与如今不同的世界。
文久三年。 守护了三百年幕藩体制的德川幕府，在迫使其开国的诸外国、以朝廷复权为目标的公卿，以及外样藩的谋划下，正被逼入内忧外患、体制崩溃的境地。 政争的舞台从江户转向京都，杰出人物与汉奸，所有的阴谋都被吸引至帝都。
在那时，被任命为京都守护职的松平容保公， 组建了瘴姬——仅由接受过鬼瘴石洗礼的女性构成的治安维持组织“新选组”。
鬼瘴石在吸收了相性契合的人类后，会增强其膂力与反射神经，赋予其如鬼神般的战斗力。 但不知是何种天意的恶作剧，这种适应性只在女性身上显现。
在多摩的偏僻乡村，担任剑术道场试卫馆塾头的俊英冲田惣次郎，是个天涯孤独之身。 他将道场主近藤伊佐，以及将自己从困境中拯救出来的伊佐的义兄弟土方岁，尊为家人与主君， 某时，他听闻了幕府招募以京都守护为职的“瘴姬”的通告。
惣次郎立刻被伊佐叫去，被告知两人要前往京都一事。
既然作为瘴姬降生，立身出世便是正道——惣次郎也理解这一点。 但是，惣次郎还没能向两人报恩或还清借款。这让他心存遗憾。
然而，接下来从伊佐那里听到的话语，让惣次郎吃了一惊。
“你那天赋的剑术，现在不正是为了我们派上用场的时候吗？”
伊佐告诉惣次郎也要前往京都侍奉——如此说道。
