――紺碧の海深く、グラン・ブルーに包まれて、少女は眠る。 いつの日か再び、“エレメンタル・ドライバー” と巡り会える日を夢見て―― 温暖化現象を遙かに上回る “惑星高温化現象” に襲われた、西暦2040年の地球。 北極＆南極の氷山、北欧のフィヨルド、ヒマラヤの氷河、シベリアの永久凍土―― あらゆる氷が融解し、地球全土が海没。 生き残った僅か10万人の人々は、人工海上浮揚都市『アクアポリス』で絶望に満ちた漂泊の日々を送る。
そんなアクアポリスに、追い打ちを掛けるように正体不明の機械生命体・SPOOK（スプーク） が襲いかかる！ 蒼穹の空と紺碧の海に挟まれて、アクアポリス防空隊 と SPOOK の激しい空中戦が繰り広げられる！ 圧倒的な数のSPOOKに、ジリジリと消耗し、追い詰められていく アクアポリス。 そんな滅亡寸前の人類の前に、謎の美少女・星海凪と人型機動超兵器・アエリアルがその姿を現す。
凪とアエリアルが、残された人類に指し示す未来とは――？ 人口海上都市『アクアポリス』で繰り広げられる、恋と友情、出会いと別れ、生と死――
