――深蓝的海洋深处，被グラン・ブルー所包围，少女沉睡着。 梦想着有朝一日能再次，与“エレメンタル・ドライバー”相遇的那一天―― 遭受远超全球变暖现象的“行星高温化现象”袭击的，公元2040年的地球。 北极与南极的冰山、北欧的峡湾、喜马拉雅的冰川、西伯利亚的永久冻土――所有的冰都融化了，地球全土被海水淹没。 幸存下来的仅10万人们，在人工海上浮游都市『アクアポリス』中度过了充满绝望的漂泊岁月。
在这样的アクアポリス，仿佛落井下石般，正体不明的机械生命体・SPOOK（スプーク）袭来！ 被苍穹的天空与深蓝的海洋所夹击，アクアポリス防空隊 与 SPOOK 展开了激烈的空战！ 面对压倒性数量的SPOOK，アクアポリス被一点点地消耗，逼入绝境。 在濒临灭亡的人类面前，神秘美少女・星海凪与人型机动超兵器・アエリアル现身了。
凪与アエリアル，向残存的人类所指引的未来究竟是――？ 在人口海上都市『アクアポリス』中展开的，恋爱与友情，相遇与离别，生与死――
