「在这里放弃？还是——还是为了改变而行动？」
大约500年前，5颗陨石接近地球，发生了被称为五大流星雨的大灾害，然后，冬天的时代来临了。 人类移居到了地下与海底，以及被称为完全环境都市（arcology）的建造物，等待着地球环境再生的一天。 ——外面是人类无法居住的不毛之地。 不知不觉间，住在和平的盆景完全环境都市中的人们，渐渐失去了对那片不毛之地的兴趣，只是将其认知为只存在于知识与记忆中的遥远场所。
舞台是浓厚残留曾经被称为日本之地的文化色彩的日系完全环境都市 『天原』 住在其中的青年・日高千尋拜在天原发展起来的飞机竞技（motor sports）『Flight』 的王者・織倉練児为师，相信总有一天自己能与师傅并肩飞行，持续着训练。 然而，他憧憬的英雄織倉練児在某日因为事故而死亡。 千尋尽管知道事故原因的一部分，仍然怀抱着巨大的心理阴影，从Flight的世界里抽身而退。
失去了『天空』的千尋，怀抱着心中的焦躁感，既无目的也无目标，甚至怀疑着生存意义，只是过着惰性的每一天。 在如此千尋的面前，某一天冲破天空的障壁未曾得见的Flight的机体从天而降。奔向因为事故降落的那只机体的千尋，与乘坐其中的金色少女邂逅。
「这里不是天国呢。要是连天国都有墙壁，那可太糟糕了」
被墙壁与天井包围的闭锁都市・天原。 在和平的盆景、然而已经停滞的这个都市的邂逅。 以这一天为转折点，千尋与他周围的停滞的日常与关系开始活动——
