「マスターが命令するなら、私は人類を滅ぼすこともできます」
対テロ特殊部隊など、将来的に国防を担う人材の育成を目的として設立された学園組織ＳＯＲＤ。 様々な事情から行き場をなくし、居場所を失った少女たちは、ＳＯＲＤへと送られ銃を手にする。 それが生きる事の赦しを得る、たった一つの方法だから。
アラタが伝習員（ハンドラー）を務めるＳＯＲＤ訓練校『美浜学園』Ｄクラスは、不良在庫（デッ ドストック）とあだ名される落ちこぼれの集まり。 生徒たちが一日でも長く生き延びられるよう、アラタは神経信号接続技術『ＰｅＴＳ（ペッツ）』を 使い、訓練を施す。
そんなある日、彼は不思議な少女と出会う。 テロリストのアジトで、培養槽の中で眠っていた少女エル。 運命に導かれるようにエルとＰｅＴＳでリンクしたマサキは絶体絶命の危機を乗り越え、彼女をク ラスに迎え入れる。
しかしそれは、謎のテロ集団ヘイディオとの戦いの始まりでもあった。
これは行き場をなくし、銃と実弾を手に取るしかなかった少女たちの物語――。
