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不远的未来。 比现在稍微发达一些赛博科技的未来。 住在贫民窟的如月士郎，是拥有特殊力量的人类。 知道那股力量的只有政府的一部分人。 特殊力量，就是将数字物体在现实中立体化的力量 拓扑幽灵。 通称TG。 TG是政府极秘推进的研究之一， 士郎与姐姐亚希，以及弟弟仁三人作为该研究的 实验体协助着实验。 但是，由于研究中的事故导致项目中止， 姐姐卷入事故死亡，仁也在事故后下落不明。 从研究设施中被释放出来的士郎， 在贫民窟过起了自甘堕落的生活。 就在这样的某一天，突然遇到与姐姐相似少女的士郎， 被卷入了新的事件之中……