创立于明治时代、是目前还残存着的少人数宿舍制‘自有艺术教育’的传统学校、时之台学园。
进藤智进入这个学院、是过着普通生活的少年。
但是、智有着一个秘密。
那是从祖母手上继承的、持有者能够操控时间的时钟。
智活用着这个时钟、快乐并且效率的体验着校园生活。
在某一时候、智确定了学校存在的七大不可思议事件和时钟有着联系。
七大不可思议相对应的七个时钟―― 如果能得到时钟的话、也许能够操控时间使用各种各样的能力。
感觉有意思的智，每到放学后、就到有着七大不可思议时间发生的地方，某个旧校舍里面开始了探险。
在探险中、智遇到了和他一样有着时钟、数届前就从毕业生那里接受调查，七大不可思议事件的新闻部。
明明只去上学，但是却每天都能遇到不同的少女们。
和朋友们的探险结局、智他们确定了七大不可思议事件其中一个的正体。
不在过去，不在现在，不在未来，在时间停止的空间里面——一个和服的少女一直沉睡着。
少女有着操控时间的力量，自己把那个力量分成了七份封印在了时钟里面，然后自己失去了力量。
少女因为智的时钟之力（时间飞跃），并不在过去，在现代苏醒了过来，却无法回到原本的时代了……
知道只要凑齐所有的时钟，那么取回本来力量的少女就可以回到原来的时代之后，智他们开始挑战七大不可思议的谜题了
