舞台是被海与山包围的城市·冬木市。 在这座平平无奇的城市里，有着逐渐侵蚀的黑暗。 据说能实现获得者愿望的圣杯。 为了实现那个圣杯，一场仪式即将举行。 赋予被圣杯选中的七名魔术师（御主），由圣杯选出的七骑使魔（从者）。
骑士 "Saber" 枪兵 "Lancer" 弓兵 "Archer" 骑兵 "Rider" 魔术师 "Caster" 暗杀者 "Assassin" 狂战士 "Berserker"
御主必须与被赋予这七种职阶之一的使魔签订契约，证明自己配得上圣杯。 也就是说。 成为御主的人必须消灭其他御主，证明自己才是最强的。追求圣杯的行为，其全部被称为“圣杯战争”。 在这片土地上发生的仪式，可以说是无愧于其名的“互相厮杀”吧。
幼年时因火灾失去双亲、成为孤儿的主人公，被一名自称魔术师的人物收养。 主人公不顾养父的反对学习魔术，但完全没有才能，花了几年时间掌握的魔术只有一个。 那位养父如今也已过世，主人公成长为一名半吊子的魔术师。
然后是现在。 因为偶然的契机被卷入御主之间战斗的主人公，偶然地与七名从者之一的Saber签订了契约。 在不情愿的情况下成为御主之一的主人公，将投身于围绕圣杯的战斗中────
