初音岛篇 故事 一年到头樱花盛开乱舞的景象如今已成往事。 初音岛作为一座展现出四季不同面貌、自然丰富的岛屿而广为人知。 位于初音岛的风见学园。 在那里上学的附属二年级生芳乃清隆，与身为学姐且被称为学园偶像的森园立夏、像妹妹一样的青梅竹马葛木姬乃、混血且是表妹的芳乃夏露露(シャルル)等5名女孩子一起作为新闻部开展活动。 话虽如此，在如今不再像过去那样充满不可思议之事的初音岛上，也没有发生什么值得写成报道的事件，每天只是在部室里慵懒度日。
——在这样的某个冬日。 明明是冬天，初音岛的樱花却一齐开始绽放了。 并且，惊讶的新闻部成员们的手机上同时收到了一封邮件。发件人不明。其内容是， “樱花盛开时，在约定的那个地方——” 后半部分变成了乱码无法阅读。但是，总觉得有些意味深长的这段文字。而且，发送时间竟然是1951年。 “这是从过去发来的邮件哦！你不觉得这正是在暗示现在的状况吗？约定的那个地方是哪里？那里会发生什么？说到底，为什么樱花会突然绽放？我们新闻部来解开这个谜团吧！” 新闻部部长森园立夏充满力量地如此宣言道。
推进谜团调查的清隆等人。仿佛受到邀请般造访的，那棵永不枯萎的樱花树。 在那旁边，伫立着一位女性。明明应该是初次见面，却让人感到非常非常怀念。 “那么，就请聆听吧” 谜之女性讲述的往事。那是发生在100多年前的伦敦，她与清隆等人相遇与离别的故事。 “宛如初音岛般循环往复，如梦似梦的，起始的故事”
风见鸡篇 故事 以及谜之女性讲述的，另一个故事——
作为日本屈指可数的魔法师家系葛木家的长男，清隆与妹妹姬乃一起，为了前往英国伦敦的皇家伦敦魔法学园、通称“风见鸡”留学而漂洋过海。 在异国他乡等待着清隆与姬乃的，是被浓雾笼罩的伦敦街景，以及在其地下延伸的巨大学园都市。 在地下湖上，宛如新月般排列漂浮的，由3座岛屿组成的学园都市。 为了在最好的环境中学习魔法，来自世界各地的魔法师苗子们聚集于此。 在那里与许多伙伴相遇，清隆虽然对新的环境感到困惑，但还是度过了快乐的学园生活。 那是宛如初音岛般循环往复的，平凡的，又如梦似幻的日子……。
某天，清隆和莉卡(リッカ)一起走在伦敦的街头。 在巨大的钟塔下，两人遇到了一名少女。手里拿着小樱花枝的这名少女，失去了大半的记忆。 并且检查结果显示她拥有魔力，少女便暂时由风见鸡来照看。
——清隆有着父亲托付给他的心愿。 为了实现它，必须成为风见鸡的学生会干部。为此，清隆参加了学生会选举。 在此期间，女王的委托传了过来。 有人使用魔法之力伤害人们—— 为了防患于未然，清隆等人在雾气深重的伦敦街头四处奔走。
失忆的谜之少女，与一年到头不放晴的雾。以及她手中拿着的魔法樱花枝。 清隆等人的命运齿轮开始转动。 那是宛如初音岛般循环往复的，相遇与离别的故事。
