“如果主人下令，我连毁灭人类都能做到。”
以培养反恐特种部队等未来承担国防重任的人才为目的而设立的学校组织SORD。 因各种缘由失去容身之所、无处可去的少女们，被送到了SORD，拿起了枪。 因为那是获得活下去的许可，唯一的方法。
阿拉塔（アラタ）担任传习员的SORD训练校“美浜学园”D班，是被戏称为不良库存的差生集合。 为了让学生们能多活一天，阿拉塔使用神经信号连接技术“PeTS”进行训练。
某天，他遇到了一位不可思议的少女。 在恐怖分子的据点里，于培养槽中沉睡的少女艾露（エル）。 仿佛被命运引导般，阿拉塔通过PeTS与艾露链接，克服了穷途末路的危机，将她迎入班级。
然而那也是，与神秘的恐怖集团海迪奥（ヘイディオ）之间战斗的开始。
这是无处可去，只能拿起枪与实弹的少女们的故事——。
