世界各地突然出现的被称为“禁忌区”的魔性空间。以及从那里出现的，吞噬人类精神的怪物・イーター。 面对所有物理攻击甚至核攻击都无效的イーター，人类束手无策，被吞噬精神的人们接连化为了イーター。
但是，人类不会永远无力下去。 操纵着使用被称为“マナ”的生物能量的攻击术・魔法，能够打倒イーター的战士们出现了。 人们将人类希望的战士们称为“魔女（ウィッチ）”——
培养ウィッチ及其搭档ファミリア的ウィッチ・スクール。 主人公・飯塚俊哉虽然入学考试不合格，但其天生的绝伦＆巨根被发掘，以招待入学的形式顺利成为了该校的学生。
不能使用魔法的男性被要求的，是补给ウィッチ所使用的魔法之源“マナ”。 男性由于其体内的マナ被强制转换为精子，因此无法行使魔法。 作为替代，通过将精子给予ウィッチ，即通过“性行为”便可以半永久地补给マナ。 俊哉正是被看中了这一素质。
入学经过本身就十分稀有的俊哉，还将结成前所未闻的“トリオ”。 其对象是担任世界级偶像团体“マナ・ウィッチ”双中心的超人气偶像，小柳リナ 和 アリッサ＝里奈・田中。 两人是被传为下一代 S級ウィッチ 的超级精英。
「マナ补给是神圣的行为所以不用害羞」 就这样，俊哉在ウィッチ・スクール的生活开始了──
