在世界各地突然出现的被称为“禁忌区”的魔性空间。以及从那里出现的，吞噬人类精神的怪物・イーター。 面对一切物理攻击甚至核攻击都无效的イーター，人类束手无策，精神被吞噬的人们接连化为了イーター。
但是，人类不会永远无力。 出现了能够运用被称为“マナ”的生物能量进行攻击的术・魔法，并打倒イーター的战士们。 人们将人类希望的战士们称为“魔女（ウィッチ）”——
培养ウィッチ及其搭档ファミリア的ウィッチ・スクール。 主人公・飯塚俊哉虽然入学考试不合格，但因为其天生的绝伦＆巨根被发掘，以招待入学的形式顺利成为了该校学生。
无法使用魔法的男性所被要求的，是补给ウィッチ所使用的魔法之源“マナ”。 男性因为其体内的マナ会被强制转换为精子，所以无法行使魔法。 取而代之的是，通过将精子给予ウィッチ，也就是“性行为”，就可以半永久地补给マナ。 俊哉正是被看中了这种资质。
入学经历本身就十分稀有的俊哉，还将结成前所未闻的“トリオ”。 其搭档是担任世界级偶像团体“マナ・ウィッチ”双中心的超人气偶像，小柳莉奈(小柳リナ)与アリッサ＝里奈・田中。 两人是被传为下一代S級ウィッチ的超精英。
「マナ补给是神圣的行为，所以不用觉得害羞」 就这样，俊哉在ウィッチ・スクール的生活开始了──
