ヴェレルの叛乱を阻止したタクト・マイヤーズはNEUEをはじめとする並行宇宙の復興支援をする組織UPW(United Parallel World 並行世界連合)の設立に尽力し、長官に就任。ルクシオール艦長職を後輩であるココ・ナッツミルクに譲る。
カズヤはルーンエンジェル隊の隊長として正式に任命され、新体制が整うなかで環境はめまぐるしく変化し、カズヤたちも否応なく日々の忙しさに追われていく。
しかし、歪みは確実に蓄積されていた。NEUEの中にあって中心部セルダールに属さない勢力であるアームズ・アライアンス。急速に復興を見せる世界のなかで、次なる争いの火種は蠢動を開始していた。