曾是星修学园学园生的门仓甲某天在虚拟的战场中醒来。 回想起现在的自己是佣兵，是优秀的シュミクラム（战斗用电子体）用户的甲，也想起了自己曾与部下、也是唯一的搭档桐岛蕾一起追捕某个人物。
那个人物是甲曾经的恩师，久利原直树。 他所隶属的研究机关被认为引发的噩梦般的事件“灰色のクリスマス”
在追寻夺走了和平学园生活与同伴们这一切的事件真相的甲面前，出现了更多的谜团。 阻挡在前的AI派宗教组织ドミニオン，从学园时代起就有因缘的对手ジルベルト的暗中活动。 GOAT的王牌、コマンダー的真实身份是？アーク的方舟计划是？ 然后仿佛为了帮助甲而出现的神秘现象，特异点究竟是什么？
另外，逐渐恢复记忆的甲也与学园时代令人怀念的同伴们再会。 青梅竹马的菜叶、再从姐的亚季、挚友的千夏、雅… 依然如故，或是各自发生了改变的朋友们。 依然下落不明的真。 然后，在灰色のクリスマス中本应永远失去的空，和与她一模一样的NPCクゥ。 在甲面前，屡次现身自称エージェント的NPC是クゥ吗，还是说…？
当诸多谜团合而为一之时，真实之门将会开启。
