认真和我恋爱！！S

川神学園 2年生の直江大和には大切な仲間たちがいた。 男 4人、女 3人のグループに新たな仲間 2人が加わり、ドタバタした毎日を送っている。 その中で大和は 「特に彼女とかはいないけど、今が面白いし、いいか」 と過ごしていたが、そんな彼に大きな運命が直撃しようとしていた。

世界の九鬼財閥が 『武士道プラン』 を当初より予定を早めて実行する。 偉人たちのクローンで、現代の人材不足を解消させることが計画の目的らしい。 また彼女たち著名人と学ぶことで、一般の学生たちも競争意欲が刺激され能力が向上していくことも狙いであるとか。

かくして関係者の源義経、九鬼紋白など多くの人間がプランの受け皿である川神学園に転入。 世間の話題となり、より大和の周囲は賑やかになっていく。 また、この騒ぎとは関係無くナチュラルに転入してきた松永燕という少女も積極的にからんでくる。

彼女たちに共通することは、全て武道をたしなみ、血も武士の系譜であるということ。 増えた凛々しい侍娘たちに負けずに頑張れ、男たち。 2009年6月、新たな物語が始まる――