Tomoyo After的故事围绕冈崎Tomoya和Sakagami Tomoyo展开。Tomoya高中毕业，现在是一名垃圾收集者。尽管Tomoya独自住在他的公寓里，但他和Tomoyo现在正在一段浪漫的关系中见面。有一天，人们发现Tomoyo有一个同父异母的妹妹Mishima Tomo，她一直和母亲住在一起，但最近被遗弃了。最终决定，Tomo暂时住在Tomoya的公寓里。
除了游戏中大部分的冒险部分，《Tomoyo After》也有RPG元素。为了完全完成游戏，玩家必须完成八个名为“地牢和高文”的迷你RPG游戏，这些游戏在玩家继续玩游戏的某些场景中可用。
