在2000年9月13日，南极大陆上发生大爆炸，造成南极的冰川融化、地轴扭曲，随之而来的海平面上升、全球气候异常，加上后来引发的战争等因素，导致世界人口减半。随着接连不断的大规模战争结束，各国军队编入“国联”军队。此次侵袭人类的大灾难被称为第二次冲击，“国联”发表的大灾难原因是“大质量的陨石撞击南极”。实际上却是为了在其他使徒觉醒之前将第一使徒亚当还原成卵的结果，而秘密组织SEELE凭借其巨大影响力隐瞒了事实真相。SEELE经由《死海文书》获悉了相关讯息，事先采取了一系列措施。使徒拥有强大的A.T.力场，一般的武器无法消灭它，为阻止使徒毁灭人类而设立Gehirn开发泛用人型决战兵器——人造人Evangelion（简称：EVA），并且建立起要塞都市——第三新东京市，也是Gehirn总部所在地。Gehirn之后改组为NERV，全力推行人类补完计划......
故事本该是这样的，但一个满月的夜晚，第三新东京市遭受谜之轰炸；诡异的是，NERV没有命令EVA出动。这敌人有可能不是使徒，而是别的敌人吗？ 隔天早晨，美少女转学生雾岛真名转入第三新东京市立第一中学2年A班，尝试快速亲近碇真嗣。惣流·明日香·兰格雷怀疑，真名可能是企图刺探NERV与EVA情报的间谍；然而，真嗣的心被真名率直的行动吸引，而事实的真相，又是怎样……
